Упрощая, можно разделить все "первые отделы" на две категории. 

Первые оказывают услуги только собственному предприятию или ведомству и не берут на обслуживание сторонние организации, в том числе коммерческие компании с лицензией ФСБ. Такие отделы созданы для обеспечения собственных нужд. 

Вторая категория берет на обслуживание внешние организации, оказывая им услуги по организации работы с государственной тайной. Компания, которая встает на обслуживание в первый отдел, вписывается в лицензию режимного органа и получает собственную лицензию на срок действия лицензии первого отдела. При этом обязательным условием для организации режимно-секретного оборота на базе внешнего РСП является факт существующих или планируемых совместных работ между ними. Это закрепляется договором о совместных работах или договором о намерениях провести такие работы по факту получения лицензии компанией-соискателем. Внешний (сторонний) первый отдел предоставляет своему "клиенту" право пользования секретной комнатой (выделенным помещением), рабочим местом и оргтехникой, услуги сейфового хранения и ведения секретной переписки, а также взаимодействует с лицензирующий органом по факту проверок и обмена информацией о деятельности "клиента".

Вы имеете право отказаться от услуг стороннего первого отдела и организовать на базе своего предприятия собственный режимный орган. Это потребует существенных финансовых затрат и специального разрешения со стороны ФСБ на разных уровнях. Компания, которая хочет открыть собственный режимный отдел и получить лицензию ФСБ на оказание услуг самой себе должна пройти аттестацию помещения, пригодного для работы с секретной информацией, правильно организовать рабочие места для сотрудников режимного отдела, подобрать квалифицированный персонал, обеспечить сохранность сведений на электронных и бумажных носителях. Требований немало. Отдельно потребуется получить согласование от ФСБ на открытие отдела и обосновать его необходимость.

Именно поэтому большинство компаний предпочитает не связываться с открытием собственного отдела, особенно если не предполагается большой поток документооборота. Выгоднее заключить договор на оказание услуг по защите государственной тайны с компанией, которая уже через все это прошла, и готова оказать такие услуги за небольшую плату ежемесячно. Это избавит от необходимости не только долгих согласований, но и крупных затрат на помещение, штат сотрудников и материально-техническое обеспечение.

Но если для вас принципиально получать услуги режимно-секретного характера именно в рамках своей компании - вы всегда можете попробовать получить лицензию ФСБ на оказание услуг и осуществление мероприятий по защите государственной тайны.

Рынок режимно-секретных услуг достаточно разнообразен. Компании, которые получили себе лицензию на оказание такие услуг, готовы за ежемесячную оплату обеспечить ваше предприятие безопасным доступом и сервисом по работе с гостайной. Выбор режимно-секретного отдела многие начинают еще до оформления лицензии. Это важно, потому что помимо ежемесячного обслуживания вы будете связаны с ними своими лицензиями. Срок действия вашей лицензии будет равен сроку действия лицензии режимного отдела. Любые проверки лицензирующего органа принимает первично именно ваш секретный орган и его сотрудники. Именно они будут отвечать за своевременную доставку информации с грифом. В случае, если у первого отдела отзовут лицензию - вы тоже ее лишитесь. 

Давайте резюмируем.

• Максимальный срок действия лицензии ФСБ на гостайну - 5 лет. Именно на такой срок выдается лицензия каждому первому отделу, когда он оформляет себе такой разрешение. 
• Ваша лицензия будет действительна ровно до того же дня, что и у вашего РСП. Выбирайте режимный орган с максимально возможным сроком действия лицензии на оказание услуг - это избавит от необходимости частого переоформления лицензии и приостановления работы по госконтракту.
• Старше не значит лучше. Чем новее лицензия у режимного органа, тем больше шансов, что у них все в порядке с документобоотом, сотрудниками и прочими факторами успеха предприятия. "Опытные" секретчики могут оказать медвежью услугу новому лицензиату, оказывая услуги по инерции и без должного внимания к деталям и последним нововведением законодательства.
• После окончания срока действия лицензии её не продлевают, а оформляют заново до срока действия лицензии нового режимно-секретного отдела. Это значит, что потребуется собирать новый пакет документов, оплачивать государственную пошлину и специальную экспертизу. Если ваша лицензия кончится в период выполнения вами государственного заказа - вам крупно не повезет. Вы рискуете попасть в черный список и под штрафные санкции со стороны заказчика за срыв сроков реализации проекта. 
• Старайтесь переоформить лицензию хотя бы за 3-6 месяцев до окончания срока действия текущего бланка.